[LayaAir 2.0]2.0怎样维护引擎的修改

我有一个用ts的项目，有些情况需要修改引擎，但是直接修改bin/libs中的js会有几个问题：
1.可读性不好，修改起来困难
2.可扩展性不好，后续引擎升级不好merge
现在github上面的源码是1.7.18的，2.0后好像layajs.exe有了修改，而且github上面怎样同步引擎的更新，直接替换对应的.as源码？